Desde hace aproximadamente 150 años, las Islas Chafarinas dejaron de ser un apostadero de piratas para pasar a manos del gobierno español. Son famosas por haber sido usadas como lugar de destierro de políticos y militares. Pero lentamente llegaron a estar pobladas por cerca de mil personas, aunque en la actualidad sólo quedan algunas construcciones en estado ruinoso.
Estas islas, situadas en la costa norte de África, son catalogadas como uno de los últimos reductos del Mediterráneo que permanecen casi vírgenes. El pequeño archipiélago está compuesto por la Isla del Congreso, la más grande de todas y verdadero lugar de refugio para un gran número de especies que conforman importantes colonias; la Isla de Isabel II, la única que permanece habitada; y la Isla del Rey, la de menor menor tamaño; todas ellas de origen volcánico.
Debido a su aislamiento y lo escarpado de su terreno, se ha convertido en refugio de diferentes especies de aves, como el águila pescadora, la pardela cenicienta y la gaviota de Audouin, que hasta no hace mucho tiempo atrás se encontraban en peligro de extinción. Por este motivo, las islas fueron declaradas primero como «Refugio Nacional de Caza», y luego como Zona de Especial Protección para las Aves.
Más allá de la fauna que acogen, la principal riqueza ecológica de estas islas se encuentra sumergida bajo sus aguas, hábitat de ejemplares de todas las especies marinas, que se reparten entre las profundas grietas, los fondos fangosos y las praderas de Posidonia, estas últimas de gran productividad biológica.
En la actualidad, las visitas son controladas por el Ministerio de Defensa, organismo que establece la época y número de las mismas para proteger a este reducto virgen.
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